Magister MTI-UI juga membuka program dual mode yang bekerjasama dengan local partner di daerah. Beberapa program dual mode yang pernah/sedang berjalan antara lain dengan Fakultas Sains & Teknologi UIN Sultan Syarif Kasim (Riau), STMIK Mikroskil (Medan), STMIK Multi Data (Palembang), dan STMIK Darmajaya (Bandar Lampung).
Penyelenggaraan program dual mode akan dilaksanakan apabila jumlah mahasiswa yang mendaftar memenuhi kuota minimal yang dipersyaratkan. Peserta yang hendak mengikuti program ini juga harus mengikuti prosedur pendaftaran yang berlaku di Universitas Indonesia serta lulus seleksi masuk UI. Peserta juga diharuskan mendaftar pada local partner.