Sebagai lembaga pendidikan yang berada dinaungan Universitas Indonesia dan Departemen IE FEUI, PPIE memiliki komitmen yang tinggi dalam menciptakan lulusan Magister dan Doktor dalam Ilmu Ekonomi yang terbaik dan mampu bersaing di Asia
Pada mulanya Program Pascasarjana Ilmu Ekonomi masih menawarkan kuliah yang bersifat umum. Kurikulum mata kuliah yang bersifat kekhususan hanya terkait dengan ekonomi perencanaan dan kependudukan. Alasan utama tentang hal ini adalah karena masih terbatasnya staf pengajar untuk kekhususan lain. Bagi mahasiswa yang ingin memperdalam kekhususan lain, biasanya diarahkan untuk memperdalamnya pada proses pembuatan karya akhir dengan bimbingan dosen yang sesuai dengan minatnya tersebut. Sejalan dengan perkembangan dan perubahan pada perekonomian Indonesia dan dunia, lambat laun dirasakan perlu adanya suatu kajian yang lebih spesifik terhadap berbagai permasalahan ekonomi yang dihadapi di dunia dewasa ini.
Saat ini sesuai dengan perkembangan perekonomian dan ketersediaan tenaga pengajar maupun minat peserta, Program Pascasarjana Ilmu Ekonomi telah membuka tujuh bidang kekhususan:
- Ekonomi Uang dan Bank
- Ekonomi Internasional
- Ekonomi Perdagangan dan Industri
- Ekonomi Perkotaan dan Daerah
- Ekonomi Publik
- Ekonomi Sumber Daya Alam dan Lingkungan
- Ekonomi Sumber Daya Alam dan Energi
- Ekonomi Tenaga Kerja dan SDM
Selain itu, PPIE juga mengembangkan program Dual Degree dengan kekhususan Economics Development. Program ini diadakan dengan menjalin kerjasama dengan Universitas-Universitas di luar negeri:
1. Australian National University (ANU) – Canberra
2. Vrije Universiteit (VU) – Amsterdam
3. Universiteit van Amsterdam (UvA) – Amsterdam
4. National Graduate for Policy Students (GRIPS) – Jepang
5. International University of Japan – Jepang
6. Kobe University – Kobe
7. Yokohama national University – Yokohama
Doktor