Doktor Program Doktoral atau S3 Bidang Arsitektur mempersiapkan individu untuk pengajaran dan posisi kecendekiaan dalam lembaga akademik. Program doktoral yang relatif kecil, terbatas, dan sangat individual mendorong mahasiswa untuk mengejar area peminatan masing-masing. Kandidat doktor diharapkan bekerja sangat dekat dengan dosen-dosen di Departemen Arsitektur dan, jika diperlukan, dengan dosen-dosen dari fakultas atau universitas lain. Seleksi penerimaan sangat kompetitif, dan hanya untuk studi penuh-waktu. Pada tahun 2010, Departemen Arsitektur memperoleh akreditasi internasional dari AUN (Asean University Network). Sementara di Indonesia sendiri, Departemen Arsitektur memperoleh akreditasi A dari BAN-PT.
Program S3 di Departemen Arsitektur merefleksikan filosofi departemen yang mengharuskan mahasiswa S3 mengorientasi diri secara luas, lebar, dan antar-disiplin untuk kemudian menajam dan mendalam dalam memahami masalah-masalah kompleks dari arsitektur yang ada melampaui disiplin yang sempit. Mahasiswa S3 yang mempunyai rencana karir kademik dapat memanfaatkan peluang mengajar, teknik mengajar yang efektif dalam pendidikan arsitektur.
Riset di FTUI berjalan dengan sangat intensif dan untuk memfokuskan pengembangan riset, maka dirumuskan topik payung riset di FTUI, yaitu: Integrated Design in Urban Eco-Technology for the Quality of Life and Humanity. Adapun area kunci riset untuk Departemen Arsitektur adalah: Eco-Architecture, yang meliputi: Ethno Architectural, Housing and Settlement, Building Science and Technology, Architectural History and Theory, Urban Design and Planning, Environmental Psychology.
Program doktoral atau S3 terbagi dalam dua tahap: tahap kualifikasi dan disertasi.
Tahap Kualifikasi atau Tahap I – 2 (dua) semester
Tahap kualifikasi memberikan pemaparan secara umum pada mahasiswa terhadap area kekhususan, disiplin arsitektur, dan perangkat metodologisnya. Kurikulum program doktoral Departemen Arsitektur FTUI berbasis pada sistem 'menu' yang luwes, terdiri dari dua menu lajur pembelajaran: i) penelitian yang memberikan keluasan penjelajahan akan metoda riset; ii) penjelajahan kekhususan teoritikal yang meluas (breadth).
Persyaratan-persyaratan karya studi harus disetujui oleh fakultas, departemen dari area kekhususan. Sebelum maju ke jenjang kandidat, mahasiswa juga diharuskan menyelesaikan empat luasan dari menu antar- disiplin dan menu teori, di luar bidang utama/ arsitektur. Selama tahap kualifikasi, mahasiswa menggali pengetahuan yang diperlukan untuk melakukan riset dan kecendekiawanan orisinil termasuk:
• Pengetahuan riset, teori, dan /key issues/ dalam sub-bidang utama dalam area kekhususan;
• Apresiasi kemampuan analitis secara kritis yang relevan dengan area kekhususan;
• Metoda riset yang relevan dengan area kekhususan, termasuk baik pengetahuan akan metoda dan pendemonstrasian kapasitas untuk menggunakan metoda;
Untuk maju melampaui tahap kualifikasi, mahasiswa harus menyelesaikan semua karya-studi, dengan membuat makalah dari pertanyaan yang diberikan oleh komite.
Tahap Disertasi atau Tahap II – 4 (empat) semester
Tahap disertasi memerlukan penyelesaian proyek riset secara berbena (signifikan) dan suatu disertasi yang mendemonstrasikan kreativitas dan kemampuan kandidat untuk mulai melakukan dan mendukung karier dalam riset. Tipe proyek riset yang dipilih merupakan penentu yang sangat penting terhadap waktu untuk menyelesaikan riset dalam tahap ini. Dalam mempertahankan disertasi – persetujuan dan sidang akhir – Komite Doktoral S3 memberi rekomendasi untuk penganugerahan gelar S3. Tahap ini harus diselesaikan dalam 4 (empat) semester.